在重庆市办理户籍登记时，若遭遇孩子出生证明遗失或身份核实困难等情况，便需进行亲子鉴定以保障信息的真实性与合规性。以下是一些常见的触发此类鉴定的情形及其原因：

1. 缺少出生证明或证明信息不匹配：当婴儿未在具备相应资质的医疗机构出生，或是其出生证明上的家长信息与身份证件、户口簿不一致时，须借助亲子鉴定来确定孩子的身份及父母关系。

2. 被拐卖后被寻回的孩子：这类儿童在被解救后需要恢复与其亲生父母的户籍联系，而亲子鉴定报告则是确立这种联系的必备凭证。

3. 未婚生子和单身家庭情况：当法定文件不足以证明儿童的血统关系，或者在必要时将子女的户籍从一个家长转移到另一个家长名下时，同样需要进行亲子鉴定。

4. 防止及打击非法行为：亲子鉴定不仅用于确定家族关系，也助于预防及惩治诸如贩卖人口、代孕等不法活动。此举有助于维护社会公正与秩序。

值得注意的是，重庆市户籍注册所需的亲子鉴定属于司法鉴定范畴，仅能在获得司法部认证具有司法鉴定资格的机构完成。该机构的官方亲子鉴定报告才为公安机关和法律机关所接受。此外，受检者本人必须亲自前往司法鉴定中心，进行身份核对和样本采集，以保证鉴定结果的真实性和可信度。